工业产品生产许可证制度是国家为了加强质量管理，确保涉及人体健康、人身财产安全等重要工业产品的质量，配合国家产业政策的贯彻执行，促进市场经济的健康发展而实施的一项政府行政审批制度。一方面，政府通过对企业的生产必备条件的核查，并对产品质量进行型式试验和全项目抽样检验，验证企业是否具备连续生产合格产品的能力。对符合条件的企业，颁发生产许可证，准予生产。另一方面，通过执法监督对无证生产、销售无证产品，以及虽然有证但生产不合格产品等违法行为，依法予以查处。因此，生产许可证制度是政府依法对产品质量实行强制管理的一项有效措施。
《条例》的颁布和施行，使一部分人对生产许可证制度与管理体系认证的概念及作用产生了混淆。有的人认为，企业通过了ISO9001质量管理体系认证，取得了认证证书，就获得了进入市场的通行证，没有必要再施行工业产品生产许可证制度了；或者认为，企业如果获得了工业产品生产许可证，就获得了合法生产的资格，没有必要再申请管理体系认证了。实际上这两种认识都是不正确的。两者在实施的目的、性质、发证的部门等方面所存在的差异如下表所示。
《条例》中对“质量管理”的规定，是组织按 ISO9001：2000标准建立质量管理体系最基本的要求。质量管理体系标准以顾客满意为关注焦点，要求组织的产品在整个生命周期内全面满足顾客的需求；同时，重视与企业员工、社会、交易伙伴、股东等顾客以外的利益相关方的关系；重视中长期的预测与规划和经营管理层的领导能力；重视人及信息等经营资源，使组织具有自律、学习、速度、柔韧性和创造性。通过体系的有效运行（包括持续改进的过程）以保证持续符合顾客与适用法律法规的要求，不断提高顾客满意率。
组织按照ISO9001：2000标准的要求，建立适宜的质量管理体系并有效运行，可以为组织顺利取得生产许可证创造有利条件。
《条例》的第十四条规定，省、自治区、直辖市工业产品生产许可证主管部门受理企业申请后，应当组织对企业进行审查，对企业的审查包括对企业的实地核查和对产品的检验两部分。
2003 年12月，强制性产品认证（CCC认证）机构对已经通过质量管理体系认证的组织，在申请强制性产品认证时，将减少或免予工厂审查。同样，组织按照 ISO9001：2000标准建立适宜的质量管理体系并通过第三方认证机构的认证，也必然会减少生产许可证审查机构发证的风险。因为，对组织申办生产许可证进行实地核查的程序、过程和报告结论与质量管理体系认证的程序基本一致。如果一个组织按照ISO9001：2000标准建立完善的质量管理体系，并且通过了第三方的认证，这对生产许可证的审查机构，从近期利益上讲，可以减少对企业实地核查的风险；从远期利益上讲，可以认同认证机构的认证结果，免除实地核查。这样不但可以节省生产许可证审查机构的成本，节约社会资源，提高生产许可证审查机构的办事效率，也为组织节省了因重复迎接检查而承担的费用。同时，也促进了第三方认证机构的认证积极性，增加了认证机构承担法律责任的意识，有利于促进中国认证事业的健康发展。
2005年11月17日，在第四次全国认证认可工作部际联席会议上，国务院法制办副主任张穹表示，国务院法制办已经把认证认可作为重要的管理手段写进了国家新出台的法律法规中，今后行政许可的范围要逐步缩小，能通过认证认可实施的就不再实行行政许可。他还特别说明，要加快《合格评定法》的立法速度，争取早日颁布。在今后的立法中，能将认证认可手段纳入的就一定要写进去。由此可见，认证认可在未来的行政许可工作中会占有越来越重要的位置。
不可否认，我国的认证工作还存在一些问题和不足，可能会使得生产许可证审查机构不大相信某些认证机构的认证结果，但必须承认，大部分认证机构的认证结果是可信的。实践也证明，在工业产品生产许可证发放审查中，发现已经按照ISO9001：2000标准建立质量管理体系的企业，管理比较规范，存在问题较少，审查非常顺利。而尚未按照 ISO9001：2000标准建立质量管理体系的企业，则不符合项较多，审查难度较大。显然，实施ISO9001:2000标准会给生产企业带来巨大的益处，企业首先通过管理体系认证是企业顺利获得工业产品生产许可证的有效保障。反之，如果企业先通过工业产品生产许可证的审查，也会为通过管理体系认证提供有利条件。工业产品生产许可证制度与管理体系认证这两者之间有区别，不可相互替代，但又可以相互促进，互为基础。
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